Wypadek
Henryk Łopaciński zmarł tragicznie w wieku 46 lat w wyniku obrażeń po wypadku, który miał miejsce w nocy z 23 na 24 sierpnia 1906 roku. Wracając z oględzin pomnika ułanów księcia Poniatowskiego znajdującego się na Lemszczyźnie, przy ul. Misjonarskiej konie poniosły i przewróciły powóz, którym podróżował wraz z lubelskim artystą Konstantym Kietlicz–Rayskim. Został pochowany na cmentarzu przy ul. Lipowej.
Jego rękopisy (ma na swoim koncie blisko 600 artykułów) zostały przekazane Akademii Umiejętności, a księgozbiór odkupiony od spadkobierców przez utworzone w 1907 Towarzystwo Biblioteki Publicznej im. Hieronima Łopacińskiego, utworzone wśród jego przyjaciół i znajomych jako zaczątek pierwszej lubelskiej biblioteki.